Ενοτητες εργασιας

Η υποδομή INSPIRED θα παρέχει ένα σύνολο υπηρεσιών, οι οποίες περιγράφονται συνοπτικά σε εννέα (9) Ενότητες Εργασίας (ΕΕ). Εξ’ αυτών οι έξι (6) Ενότητες Εργασίας (ΕΕ) αφορούν επιμέρους επιστημονικές περιοχές και θα υλοποιηθούν συνεργατικά από όσους φορείς παρέχουν υπηρεσίες σε αυτήν τη θεματική περιοχή. Παράλληλα, θα ενισχυθούν από κοινές ερευνητικές δράσεις-Joint Research Activities (JRAs) που θα ξεκινήσουν με στόχο την ανάπτυξη νέων ή τον εμπλουτισμό ήδη ανεπτυγμένων μεθοδολογιών για τη βελτίωση των παρεχόμενων υπηρεσιών. Τέλος, η Διαχείριση του έργου καθώς και η Αξιοποίηση των δεδομένων και η διάχυση αποτελούν δύο διακριτές ΕΕ.

ΕE1) Διαχειριση του εργου

Υπεύθυνοι: Ε.Δ. Χρυσίνα / Ι. Πετροχείλου
Φορέας: ΕΙΕ
Η ενότητα αυτή περιλαμβάνει τη συνολική διαχείριση του έργου.
  • Εργασία 1. Παρακολούθηση & διασφάλιση της ομαλής εξέλιξης του έργου.
  • Εργασία 2. Ανάπτυξη πλατφόρμας με «Ειδικούς» (Experts) στις θεματικές περιοχές που δραστηριοποιείται το INSPIRED.
  • Εργασία 3. Διαχείριση της πολιτικής πρόσβασης του INSPIRED.
  • Εργασία 4. Διαδικασίες σύναψης συμβάσεων με συνεργάτες και συμβάσεων για την προμήθεια αγαθών.

ΕΕ2) Προετοιμασια δειγματος για δομικες μελετες.

Υπεύθυνοι: Δ. Χατζηνικολάου / Α. Μαμαλάκη
Φορείς: ΕΚΠΑ, ΕΚΕΦΕ-Δημόκριτος, ΕΙΠ, ΕΜΠ, ΓΠΑ, ΔΠΘ, ΠΘ, ΕΙΕ
Η ενότητα αυτή περιλαμβάνει εργασίες σχετικές με την προετοιμασία του δείγματος για δομικές μελέτες σε ικανοποιητική καθαρότητα (>98%). Αυτή περιλαμβάνει την έκφραση πρωτεϊνών σε προκαρυωτικά και ευκαρυωτικά συστήματα και τον καθαρισμό αυτών με χρωματογραφικές μεθόδους. Οι επιστημονικοί υπεύθυνοι που θα συντονίζουν εντός του φορέα τους την προετοιμασία πρωτεϊνικών δειγμάτων για δομικές μελέτες θα αλληλεπιδρούν με τους υπευθύνους της ΕΕ2 προκειμένου για τη βέλτιστη υλοποίηση του παρόντος έργου.
  • Εργασία 1. Παραγωγή πρωτεϊνών για δομικές μελέτες.

ΕE3) Βιοφυσικες μελετες δειγματος

Υπεύθυνοι: Γ. Νούνεσης / Μ. Κλάπα, Σ. Πίσπας
Φορείς: ΕΚΕΦΕ-Δημόκριτος, ΙΤΕ-ΙΕΧΜΗ, ΕΙΕ, ΔΠΘ
Ο βιοφυσικός χαρακτηρισμός των πρωτεϊνικών δειγμάτων πριν περάσουν στο στάδιο της δομικής ανάλυσης είτε με κρυσταλλογραφία ακτίνων-Χ, είτε με NMR αποτελεί αναπόσπαστο κομμάτι της ερευνητικής πορείας που ακολουθεί ένα τέτοιο δείγμα. Πλήθος τεχνικών κλασσικών και υψηλής ρυθμαπόδοσης (high-throughput) τείνουν όλο και περισσότερο να αξιοποιούν ολοκληρωμένες προσεγγίσεις συνδυάζοντας όλα τα εργαλεία που διατίθενται.
  • Εργασία 1. Βιοφυσικές μελέτες με βάση τη δομή και τις αρχές της θερμοδυναμικής και της θερμιδομετρίας.
  • Εργασία 2. Πρόσθετες υπηρεσίες βιομοριακής ανάλυσης αλληλεπιδράσεων.
  • Εργασία 3. Πρόσθετες υπηρεσίες του βιοφυσικού χαρακτηρισμού πρωτεϊνών.
  • Εργασία 4. Βελτίωση υποδομών και προσφερόμεων υπηρεσιών βιοφυσικού χαρακτηρισμού μακρομορίων.

ΕE4) Δομικες αναλυσεις με χρηση ακτινων Χ

Υπεύθυνοι: Σ.Ε. Ζωγράφος / Εμ. Σαρειδάκης
Φορείς: ΕΙΕ, ΕΚΕΦΕ-Δημόκριτος, ΓΠΑ, ΠΠ, ΠΘ, ΠΚ, ΕΙΠ
Η ΕΕ4 περιλαμβάνει ένα ευρύτατο φάσμα αναλύσεων με χρήση ακτίνων-Χ. Για τον σκοπό αυτό η σύνθεση των «Ειδικών» επιστημόνων είναι εύκολη λόγω του πλήθους των εμπλεκόμενων επιστημόνων και της μακροετούς εμπειρίας τους στο πεδίο.
  • Εργασία 1. Κρυστάλλωση πρωτεϊνών.
  • Εργασία 2. Κρυσταλλογραφία μακρομορίων με χρήση ακτίνων-Χ (XRD).
  • Εργασία 3. Δομικές αναλύσεις μικροκρυσταλλικών βιομορίων με χρήση κρυσταλλογραφίας και της μεθόδου X-ray Powder Diffraction (XRPD): Προετοιμασία μικροκρυσταλλικών δειγμάτων βιομορίων & Δομικός προσδιορισμός βιομορίων και συμπλόκων τους με χρήση XRPD δεδομένων.
  • Εργασία 4. Υπολογιστικές μελέτες με βάση την κρυσταλλική δομή μακρομορίων

ΕE5) Δομικος χαρακτηρισμος φαρμακευτικων στοχων μεσω φασματοσκοπιας βιομοριακου NMR

Υπεύθυνοι: Γ. Σπυρούλιας / Μ. Ζερβού, Α. Πολίτου
Φορείς: ΠΠ, ΕΙΕ, ΠΙ, ΕΚΠΑ
Ο στόχος της συγκεκριμένης ΕΕ είναι η παροχή υπηρεσιών υψηλής προστιθέμενης αξίας προκειμένου για τον προσδιορισμό της 3D δομής βιολογικών μακρομορίων (πολυπεπτίδια/πρωτεϊνες, DNA/RNA) σε διάλυμα με χρήση βιομοριακού NMR και την εφαρμογή σύγχρονων τεχνικών που βασίζονται στη χρήση του NMR ως εργαλείο κατά τη διαδικασία ανάπτυξης νέου φαρμάκου (εντοπισμός νέων βιοδραστικών μορίων –hits και βελτιστοποίηση προς ένωση-οδηγό).
  • Εργασία 1. Χαρακτηρισμός βιολογικών μορίων, φαρμάκων, πολυμερών μέσω φασματοσκοπίας NMR.
  • Εργασία 2. Προετοιμασία δειγμάτων για μελέτες βιομοριακού NMR.
  • Εργασία 3. Δομικός Χαρακτηρισμός βιομορίων και βιομοριακών συμπλόκων μέσω Βιομοριακού NMR.
  • Εργασία 4. Αλληλεπιδράσεις βιομορίων, Έλεγχος πρόσδεσης (primary screening assay) και Χαρτογράφηση του κέντρου πρόσδεσης του πρωτεϊνικού στόχου (SAR by NMR).
  • Εργασία 5. Σχεδιασμός βιοδραστικών ενώσεων.

ΕE6) Λειτουργικος χαρακτηρισμος φαρμακευτικων στοχων - φαρμακολογια / τοξικολογια

Υπεύθυνοι: Σ. Ταραβήρας / Κ. Κυπραίος, Σ. Τοπούζης
Φορέας: ΠΠ
  • Εργασία 1. In-cell χαρακτηρισμός αλληλεπιδράσεων βιομορίων και επίδρασης βιοδραστικών ενώσεων.
  • Εργασία 2. Cell-based δοκιμασίες βιοδραστικών ενώσεων σε επίπεδο μεμονωμένων κυττάρων – εξατομίκευση της θεραπευτικής προσέγγισης.
  • Εργασία 3. Φαρμακολογία & Τοξικολογία

ΕE7) Αναλυση Βιοδεικτων

Υπεύθυνοι: Κ. Σταθόπουλος / Γ. Πατρινός, Θ. Μιχαηλίδης
Φορείς: ΠΠ, ΙΤΕ-ΙΜΒΒ-ΒΕ
  • Εργασία 1. Γενωμική & Φαρμακογονιδιωματική.
  • Εργασία 2. Aνάλυση εξειδικευμένων βιοδεικτών με έμφαση στους RNA δείκτες

ΕE8) Κοινες Ερευνητικες Δρασεις - Joint Research Activities (JRAs)

Υπεύθυνοι: Μ. Κοκκινίδης / Γ. Σπυρούλιας
  • JRA1. Βελτιστοποίηση βιοφυσικού χαρακτηρισμού πρωτεϊνών και συστημάτων βιομακρομορίων με συνδυαστική χρήση προηγμένων τεχνικών.
    Φορείς: ΕΙΕ, ΕΚΕΦΕ «Δημόκριτος», ΙΤΕ-ΙΕΧΜΗ
  • JRA2. Απομόνωση και παραγωγή διαμεμβρανικών πρωτεϊνών μέσω ανάπτυξης εξειδικευμένων αντισωμάτων.
    Φορείς: ΕΚΠΑ (Μονάδα Παραγωγής Πρωτεϊνών και Βιομορίων) και EIΠ (Εργαστήριο Μοριακής Βιολογίας & Ανοσοβιοτεχνολογίας)
  • JRA3. Νέο-αναπτυσσόμενες Μεθοδολογίες για την Δομική Βιολογία: Small Angle X-ray Scattering, Powder, Electron & Serial Femtosecond Crystallography
    Φορείς: ΠΠ, ΠΚ, ΕΙΕ
  • JRA4. Συνδυαστική χρήση φασματοσκοπίας και φασματομετρίας στην ανάλυση ενεργότητας και δομής πρωτεϊνών σε συνδυασμό με μελέτες κρυσταλλογραφίας ακτίνων Χ.
    Φορείς: ΙΤΕ-ΙΕΧΜΗ, ΕΙΕ, ΑΠΘ
  • JRA5. Βελτιστοποίηση πρωτοκόλλων για παραγωγή ανασυνδυσμένων πρωτεϊνών με υψηλή απόδοση.
    Φορείς: ΠΠ, ΕΙΕ
  • JRA6. Συνδυασμός NMR και Υπολογιστικών εργαλείων για σχεδιασμό Βιοδραστικών ενώσεων.
    Φορείς: ΠΠ, ΕΙΕ
  • JRA7. Aνίχνευση και ποσοτικοποίηση πρωτεϊνικών αλληλεπιδράσεων με τεχνολογίες αιχμής.
    Φορείς: ΠΙ, ΔΠΘ, ΠΠ
  • JRA8. Υπηρεσίες διαχείρισης συνόλων επιστημονικών δεδομένων.
    Φορείς: «Αθηνά» και όλοι οι φορείς του INSPIRED

ΕE9) Αξιοποιηση δεδομενων και διαχυση

Υπεύθυνοι: Ε.Δ. Χρυσίνα / Θ. Δαλαμάγκας
Φορείς: "ΑΘΗΝΑ", ΕΙΕ
  • Εργασία 1. Διαχείριση & Αξιοποίηση δεδομένων.
  • Εργασία 2. Δραστηριότητες επικοινωνίας και διάχυσης